Mieszkańcy Południowego Sudanu mają możliwość kontynuowania studiów wyższych w każdym uniwersytecie lub w szkole zawodowej. Choć brakuje obu instytucji, kilka programów mających na celu rozszerzenie aktualnie krajobraz szkolnictwa wyższego w Sudanie Południowym.

Master of Science stopni są zaawansowane programy akademickie, które są oferowane przez uczelnie wyższe do studentów, którzy już uzyskał tytuł licencjata. Zarabianie magistra mogą prowadzić do większych zawodowych i osobistych możliwości dla absolwentów.